Фамилия Нагорний — это не про горы в прямом смысле, а про то, кто на них жил или откуда родом. Её основа — украинское или южнорусское слово «нагорний», то есть «тот, кто находится на горе, на возвышенности». В говорах так могли назвать человека, чей дом стоял на холме, или жителя верхней части села, которая часто называлась Нагорной стороной. В отличие от фамилии Нагорный, которая пишется через «о» и распространена шире, форма Нагорний с окончанием -ий типична для украинской ономастики и южнорусских областей, где сохранялось такое произношение.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: прилагательное «нагорний» перешло в разряд фамилий без дополнительных суффиксов. Это так называемые «окаменевшие» прилагательные, которые закрепились в документах как прозвища или паспортные фамилии. Похожий механизм у фамилий Задорожний, Мельниченко, но в случае Нагорний основа указывает именно на географический признак — место жительства, а не на профессию или род занятий.

В среде запорожского казачества и на Слобожанщине такие фамилии встречались часто: человека могли записать в реестр по месту его двора. Если в селе было две части — Подгорная и Нагорная, то житель второй автоматически получал прозвище Нагорний, которое потом передавалось детям. В метрических книгах XIX века эта фамилия фиксируется на территории современной Черкасской, Полтавской и Харьковской областей.

Споров о происхождении фамилии почти нет. Единственная альтернативная версия — связь с фамилией Нагорнов, где суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), но Нагорний обходится без него, что типично для украинской модели. Редкое окончание -ий вместо -ый или -ой в русском написании — это не ошибка, а сохранение исходного произношения, которое в XIX веке могли записать именно так.

В современной России фамилия Нагорний встречается реже, чем Нагорный, но её носители есть в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях — как раз на границе с Украиной, где смешивались диалекты и традиции записи фамилий.