Фамилия Налинский — редкий случай, когда суффикс -ский не указывает на польское или украинское происхождение, а скорее на искусственное, книжное образование. В русской традиции фамилии на -ский часто давали семинаристам или дворянам, но основа «Налин» в данном случае неочевидна.

Скорее всего, корень фамилии — «Налин» — восходит к прозвищу или географическому названию. Если предположить, что в основе лежит слово «нальный» (от «нал» — в некоторых диалектах «наглый, бойкий»), то фамилия могла означать «потомок бойкого, дерзкого человека». Однако более правдоподобна версия, что Налинский — это вариант фамилии, образованной от названия реки или села с корнем «Нал-» (например, река Наля в бассейне Оки). В таком случае носитель фамилии — выходец из местности, называвшейся Налино или Налинск.

Суффикс -ский в этом контексте характерен для фамилий, которые в XVIII–XIX веках давали священнослужителям: будущий попович мог получить фамилию по названию родного села или церковного праздника, переделанную на «учёный» лад. Поэтому предки Налинских, вероятно, были либо духовного звания, либо переселенцами, получившими фамилию при переписи по месту жительства.

Встречается фамилия преимущественно в центральных регионах России, но из-за редкости точное географическое ядро выделить сложно. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается как распространённая — она скорее локальная или поздняя. Однокоренных фамилий (Налин, Налинов) практически нет, что подтверждает её уникальность.

Таким образом, Налинский — это фамилия-топоним или семинарская «благозвучная» фамилия, чей корень затемнился из-за редкости исходного слова. Носитель такой фамилии мог быть потомком священника или крестьянина из небольшого поселения с названием, ныне исчезнувшим из обихода.