Фамилия Наторина образована от прозвища Натора, и в этом её главная загадка: слово не из частотных, поэтому и версий его происхождения несколько. Самая убедительная отсылает к глаголу «наторить» — «протоптать тропинку, дорожку», а также «приучать к чему навыком, упражнять в чем». Отсюда и смысл прозвища: Наторой на селе могли назвать либо человека, которого знали решительно все, либо опытного мастера, чьё умение было у всех на виду. Оба значения хорошо ложатся на логику народных прозвищ — они редко бывают случайными и почти всегда подчёркивают заметную черту человека.

Есть и вторая, менее очевидная трактовка, связанная с местом жительства родоначальника Наториных. В этом случае прозвище выводят из существительного «наторье» — так называли возвышенную местность, где плоскогорья, горные массивы и долины сочетаются в одном ландшафте. Человек, живший на такой земле, получал прозвище Натора — по аналогии с тем, как крестьян называли по названию урочища или деревни. Эта версия слабее первой хотя бы потому, что слово «наторье» в говорах встречается заметно реже, чем глагол «наторить», но и сбрасывать её со счетов нельзя: в ономастике нередки случаи, когда фамилия рождалась именно от географического ориентира.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательную модель: Наторина — это «дочь, жена или вдова Наторы», а в более широком смысле — «из семьи Наторы». Такая форма типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -ин часто закреплялись за целым родом. Со временем окончание перестало восприниматься как указание на женский род, и фамилия Наторина закрепилась за всеми потомками, независимо от пола.

В написании фамилии обращает на себя внимание ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог — Натóрина, что косвенно подтверждает связь с глаголом «наторить». Если бы фамилия происходила от «наторья», ударение, скорее всего, сместилось бы на первый слог — Нáторина. Эта фонетическая деталь — ещё один аргумент в пользу «протоптанной тропинки», а не «возвышенности».

Прозвище Натора не попало в святцы, поэтому фамилия могла возникнуть в любой момент, когда на Руси начали закрепляться родовые именования — примерно с XV–XVII веков. Крестьяне и ремесленники получали такие фамилии позже дворян, часто уже в XVIII–XIX веках, при переписях. Так что предки Наториных, скорее всего, были не знатного рода, а людьми труда — мастерами, чьё умение и широкая известность и дали им прозвище, пережившее столетия.