Фамилия Наумкина восходит к крестильному мужскому имени Наум, которое в переводе с древнееврейского означает «утешающий». Покровителем этого имени является древнееврейский пророк Наум, предсказавший гибель Ниневии и написавший книгу об истории современной ему Палестины и древней Ассирии. В основе же фамилии лежит уменьшительная форма этого имени - Наумка. Скорее всего, основатель рода Наумкиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Наумка, со временем получил фамилию Наумкина.