Фамилия Недорубков звучит так, будто предок был лесорубом, который не выполнил план. И это не шутка, а самая прямая версия происхождения. Основа фамилии — прозвище Недорубок. В говорах так называли человека, который не дорубил дерево до конца, оставил недоделанную работу, а в переносном смысле — низкорослого, щуплого мужчину, которого «не дорубили» до нормального роста. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Недорубков — сын Недорубка.

Менее очевидная, но тоже возможная версия связывает прозвище с военным делом. В старину «рубить» значило не только работать топором, но и сечь саблей или мечом. Недорубком могли назвать неопытного бойца, который в бою не смог как следует «нарубить» врагов, или, наоборот, того, кто сам получил легкую рану — «недоруб» (неглубокий порез). Однако для прозвищ чаще брали более яркую бытовую черту, поэтому версия с лесорубом или мелким ростом выглядит убедительнее.

Словообразовательная модель здесь классическая для восточнославянских фамилий: приставка не- (отрицание) + корень -руб- + суффикс -ок (уменьшительное или прозвищное) + окончание -ов. Такие «отрицательные» фамилии (Недосекин, Недоделов, Неустроев) обычно давали не в насмешку, а как «охранительное» имя: считалось, что если назвать ребенка Недорубком, злые духи не позарятся на него и не навредят. То есть прозвище могло быть не обидным, а обережным.

Фамилия редкая, её нет в списках массовых дворянских или купеческих родов. Скорее всего, предки Недорубковых были крестьянами или однодворцами из южнорусских областей, где слово «рубить» в значении «работать топором» было особенно употребительно. Встречаются варианты написания Недорубков и Недорубковъ (с твёрдым знаком в дореволюционных документах), но смысл от этого не меняется.