Фамилия Недорубкова — женская форма фамилии Недорубков. В её основе лежит прозвище Недорубок или мирское имя Недоруб. Слово «недорубок» в русских говорах имело несколько значений, и все они связаны с характеристикой человека. Самое прямое — «невысокий, коренастый человек», как бы недорубленный, крепкий, сбитый. Другое, переносное — «недотепа, неловкий человек», тот, кого «не дорубили», не доделали как следует. Третье, более редкое — «несовершеннолетний парень», подросток, ещё не доросший до мужской работы.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа «недорубок» → суффикс -ов- (указывающий на принадлежность) → окончание -а для женского рода. Первоначально Недорубковыми называли детей или потомков человека по прозвищу Недорубок: «чей сын?» — «Недорубков».

Фамилия встречается преимущественно в южнорусских регионах, особенно в Ростовской и Волгоградской областях, а также на Кубани. Это объясняется тем, что слово «недорубок» активно бытовало в донских и кубанских говорах. В документах XVII–XVIII веков на Дону фиксируются казаки с прозвищем Недорубок — скорее всего, так называли молодого, ещё не бывавшего в серьёзных походах казака или человека невысокого роста, но крепкого сложения.

Стоит различать фамилию Недорубков и фамилию Недорубов. Вторая образована от прозвища Недоруб (человек, который «не дорубил», не закончил рубку леса или работу топором), а первая — именно от Недорубок. Суффикс -к- в основе указывает на уменьшительную или оценочную форму, то есть прозвище было скорее бытовым, насмешливо-ласковым, а не строго профессиональным.

Известных носителей фамилии Недорубкова в широкой истории нет, что типично для фамилии, образованной от прозвища и не связанной с дворянскими родами. Это фамилия крестьянского и казачьего происхождения, и её носители — потомки тех, кого в своё время назвали «недорубком» за рост, возраст или характер.