Фамилия Нехатуев — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не от имени, а от прозвища, построенного на отрицании. В её основе лежит глагол «хаять» — хулить, бранить, осуждать, порочить. Приставка «не-» меняет значение на противоположное: «нехай» — тот, кого не хают, не бранят, хороший, безупречный человек. Или же, что не менее вероятно, прозвище могли дать человеку, который сам никого не хаял, то есть незлобивому, не склонному к осуждению. В любом случае, основа фамилии — это одобрительная характеристика, что для прозвищного фонда XVII–XIX веков встречается реже, чем ироничные или уничижительные клички.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Нехатуев — сын Нехатуя. Форма «Нехатуй» (с окончанием -уй) — это краткое прилагательное или усечённая форма от «нехаяный» (неосуждённый, неопороченный). Такая словообразовательная модель характерна для южнорусских и украинских говоров, где активно использовались прозвища на -уй, -ай, -яй (например, Молчуй, Крикуй). Географически фамилия тяготеет к казачьим областям — Дону, Кубани, Тереку, а также встречается в Белоруссии и на Смоленщине, что подтверждает её западнорусские или малороссийские корни.

Любопытно, что фамилия не имеет связи с тюркскими или кавказскими языками, хотя окончание «-ев» может навести на эту мысль. Это чисто славянское образование, построенное по той же логике, что и фамилии Негодяев, Некрасов или Несмеянов. Однако, в отличие от них, «нехаять» — слово с положительной окраской, что делает Нехатуева «антиподом» Некрасова (некрасивый) или Негодяева (негодный). Предки носителя фамилии, скорее всего, были вольными крестьянами или казаками, получившими прозвище за свой ровный, незлобивый нрав.