Фамилия Нелепченко образована по самой распространённой в украинской ономастике модели — с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын», «потомок» или «младший родственник». В основе лежит прозвище Нелепый, которое, в свою очередь, восходит к древнерусскому прилагательному «нелепый». В современном языке это слово означает «бессмысленный, лишённый здравого смысла», но в древности его семантика была иной. В XI–XIV веках «лепый» значило «красивый, хороший, подходящий», а «нелепый» — «некрасивый, безобразный, неладный». Таким образом, прозвище Нелепый могли дать человеку с заметной внешностью, не соответствующей тогдашним представлениям о красоте, или же тому, кто постоянно делал всё невпопад, «нелепо».

Фамилия Нелепченко — типично украинская по суффиксу, но основа у неё общевосточнославянская. Если сравнивать с аналогичными фамилиями, то в русской традиции чаще встречаются Нелепов и Нелепин, тогда как форма на -енко указывает на территорию современной Украины, особенно на её левобережную часть (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). В польском языке также есть фамилия Nielepiec, что косвенно подтверждает древность корня.

Интересная деталь: в старых документах фамилия могла записываться по-разному. В условиях, когда письменность не была унифицирована, прозвище Нелепый легко превращалось в Нелепченко, Нелепенко или даже Нелипченко. Встречается и вариант Нэлэпченко — с заменой «е» на «э» под влиянием местных говоров. Это не ошибка, а живое отражение произношения.

Социальный состав носителей фамилии, скорее всего, был крестьянским или казацким. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках активно использовался в среде реестрового казачества и свободных крестьян, а не в дворянских родах, которые предпочитали фамилии на -ский/-цкий. Поэтому предки современных Нелепченко, вероятно, были людьми незнатного происхождения, но свободными — не крепостными, а «подданными» казацкой старшины или мещанами.

Однозначной географической привязки у фамилии нет, но по данным современных телефонных справочников и баз адресов, Нелепченко чаще всего встречаются в Харьковской, Полтавской и Днепропетровской областях Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись украинцы в XIX–XX веках.