Фамилия Нестругин — один из тех случаев, когда корень слова говорит о занятии предка точнее, чем любая запись в метрике. Она образована от прозвища Неструг, а оно, в свою очередь, от глагола «стругать» (строгать) с отрицательной частицей «не». На первый взгляд кажется, что прозвище означало «тот, кто не стругает», то есть бездельник или человек, не владеющий плотницким ремеслом. Но в живой речи северных и сибирских говоров XIX века слово «неструг» имело куда более конкретное значение — так называли неопытного, плохого плотника, который не умеет чисто и ровно обтесать бревно или доску. Плотницкое дело на Руси было одним из главных, и меткое прозвище закреплялось за человеком, чья работа требовала переделки.

Морфологически фамилия бесспорна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Неструга). Это типичная русская модель, характерная для прозвищной основы, оканчивающейся на твёрдый согласный. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от названий профессий (Кузнецов, Столяров), форма на -ин здесь закономерна, так как исходное слово «неструг» — мужского рода с основой на «г».

Спорных версий происхождения практически нет. Иногда пытаются связать фамилию с географическим названием — рекой Неструг или одноимённым населённым пунктом, но такие топонимы редки и, скорее всего, сами произошли от того же прозвища. Версия о связи с украинским или белорусским «струг» (рубанок) маловероятна: фамилия явно бытует в русских регионах, особенно в Поволжье и на Русском Севере, где плотницкое дело было основой хозяйства.

Социальный контекст фамилии — крестьянский и ремесленный. Носитель прозвища Неструг явно не принадлежал к высшим слоям: в дворянской среде такие «говорящие» ироничные прозвища не приживались. Фамилия могла появиться как в среде вольных крестьян-плотников, так и среди мастеровых людей, работавших на барщине. Уникальность фамилии в том, что она, в отличие от множества «профессиональных» фамилий (Плотников, Столяров), сохранила не название ремесла, а оценку качества работы — редкий случай, когда прозвище фиксирует не умение, а его отсутствие.