Фамилия Нестругина — женская форма редкой фамилии Нестругин, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ин указывает на принадлежность: Нестругин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Неструга. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где -ин вытеснял -ов в фамилиях от прозвищ на -а. В основе лежит слово «струг» — плотницкий инструмент для строгания, или «стругать» — обстругивать дерево. Приставка не- здесь не отрицание качества («не стругающий»), а, скорее всего, часть прозвища, данного человеку, который либо не умел строгать, либо, наоборот, делал это плохо — «не струга, а кое-как». В ономастике такое встречается: прозвища с не- часто давали по профессиональной неловкости или в насмешку (ср. Непейвода, Неумывайко).

Менее вероятна, но допустима версия, что Неструга — это диалектное слово. В некоторых говорах «стругой» называли не только инструмент, но и быстрое течение, водоворот, а «неструга» могла означать тихую, спокойную воду или, в переносном смысле, медлительного человека. Однако в словарях русских говоров такое значение не зафиксировано, поэтому версия с плотницким ремеслом выглядит убедительнее.

Географически фамилия Нестругин встречается редко, преимущественно в Поволжье и на Урале — в зонах активного переселения крестьян в XVII–XVIII веках. В переписных книгах и ревизских сказках она не засветилась, что говорит о её позднем оформлении: скорее всего, она сложилась уже в XIX веке из уличного прозвища, а не из древнего родового имени. Социальный контекст простой: предки Нестругиных — скорее всего, плотники или столяры, причём прозвище получил тот, кто в этом деле не преуспел. В отличие от фамилий Струганов или Стругальщиков, которые прямо указывают на мастера, Нестругин хранит память о конкретной человеческой черте — неумении или небрежности, что для ономастики ценнее, чем просто ремесло.

Известных носителей фамилии в истории нет, и это нормально: редкие фамилии редко попадают в энциклопедии. Зато у Нестругиной есть лингвистическая изюминка — она звучит как антипод к фамилии Струганов (от «струганный» — обработанный рубанком), но при этом не является её парой по смыслу.