Фамилия Ничипко — украинская по происхождению, и её ключ к пониманию лежит в суффиксе и географической привязке. Суффикс -ко характерен для Поднепровья и Левобережной Украины: в XVI–XVII веках он был одним из самых распространённых способов образования фамилий, особенно среди казачества и крестьян. Он указывал на принадлежность к роду или давал уменьшительно-ласкательный оттенок.

Основа фамилии — разговорная форма канонического имени Никифор. В украинской народной традиции имя Никифор (греч. «несущий победу») превращалось в Ничипiр, а от него — в короткое Ничипко. Так что Ничипко — это по сути «маленький Никифор» или «сын Никифора». Такая модель (имя + суффикс -ко) дала тысячи украинских фамилий: Шевченко (от Шевченко — сын Шевца), Тимошенко, Коваленко.

В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, которые закрепились в великорусских землях через притяжательность («чей?»), украинские фамилии на -ко фиксировали прозвище или имя отца в уменьшительной форме. Поэтому предок первого Ничипко, скорее всего, был человеком по имени Ничип (Никифор), а его дети или окружение прозвали его «Ничипко» — и это прозвище со временем стало наследственным.

Фамилия редкая. Встречается в основном на западе и в центре Украины (Винницкая, Хмельницкая, Житомирская области), а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В официальных документах Российской империи фамилию могли записывать как Ничипко или Ничипка, но устоялся именно вариант с -о. Дворянских родов с такой фамилией нет — это фамилия простого сословия, казаков или крестьян, что подтверждается её словообразовательной моделью.