Фамилия Никаненков — редкий случай, когда в основе лежит не имя Никанор, как можно было бы подумать, а другое, более архаичное. Корень здесь — Ника́н, сокращённая форма от Никанор или Никандр, но с необычным суффиксальным наращением. В русской ономастике типичная модель: Никанор → Никан → Никанов (сын Никана). Однако в фамилии Никаненков появляется дополнительный элемент -енк-, который указывает на западнорусское или украинское влияние.

Суффикс -енков характерен для фамилий, образованных на территории бывшего Северского княжества, Слобожанщины и южных областей Великого княжества Литовского. Если бы предок жил в центральной России, фамилия звучала бы как Никанов или Никанников. Форма на -енков говорит о том, что родоначальник происходил из региона, где украинский патронимический суффикс -енко соединили с русским родовым окончанием -ов. Это типичный гибрид: сначала от имени Никан образовали «Никаненко» (сын Никана), а затем при переезде в великорусские земли или при записи в документы добавили -в, превратив в Никаненков.

Само имя Никан — не календарное, а разговорное. В святцах его нет, но в быту так сокращали Никанора (от греческого «видящий победу») или Никандра («победоносный муж»). В народной среде такие усечения были нормой: вместо полного имени использовали короткую форму, которая и закреплялась в фамилии. Таким образом, Никаненков буквально означает «внук (или потомок) Никана».

Географически фамилия редкая. В дореволюционных списках она встречается преимущественно в Курской, Орловской и Воронежской губерниях — тех самых, где пересекались украинская и русская антропонимические традиции. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или однодворческая: сложная суффиксальная цепочка не характерна для дворянских родов, которые обычно сохраняли более простую форму от полного имени.

Если сравнивать с однокоренными, то Никаненков стоит особняком. Фамилии Никанов, Никанников, Никандров встречаются чаще и образованы прозрачнее. А вот Никаненков — маркер миграции: предок, носивший украинское отчество, осел в русской среде и получил окончание -ов, закрепившееся в документах.