Основой фамилии Никаненкова послужило церковное имя Никон. Никан – это акающий вариант крестильного мужского имени Никон. Имя Никон восходит к греческому слову nikao - «побеждать» и переводится на русский язык как «победитель». Одним из покровителей имени Никон считается преподобный мученик Никон Филиппольский. Со временем род Никаненковых переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса –ов (-а).