Фамилия Никифоов — один из тех случаев, когда ошибка в написании закрепилась в официальном документе и стала родовым именем. Правильная форма той же основы — Никифоров, от канонического имени Никифор. Но в конкретном варианте Никифоов мы видим, что при образовании фамилии от имени Никифор произошло стяжение: выпала буква «р», и получилось нестандартное сочетание двух «о» подряд — «оо». Это не двойной суффикс, а графический сбой, который в XIX веке могли допустить писарь или переписчик метрической книги. Позже такое написание закрепилось в паспорте и пошло по наследству.

Имя Никифор (греч. Nikephoros — «несущий победу») было распространено на Руси в среде духовенства и крестьянства. В святцах оно встречается часто, поэтому и фамилий от него много: Никифоров, Никифоренко, Никифорук. Сдвоенная «о» в фамилии Никифоов встречается редко, и это делает её своеобразным маркером: скорее всего, предок был малограмотным крестьянином или мещанином из отдалённой губернии, где писарь не сверялся с правилами, а писал на слух.

Двойное «о» не меняет значения фамилии: она по-прежнему отсылает к имени Никифор. Но если вы встретите вариант Никифоов, а не Никифоров, это почти наверняка указывает на конкретную ветвь рода, которая получила такое написание в документах середины — второй половины XIX века. В современных базах данных эта форма встречается единично, чаще всего на севере и северо-востоке европейской части России, где говор с его редукцией гласных мог повлиять на запись.

Таким образом, фамилия Никифоов — не отдельное прозвище, а орфографический вариант фамилии Никифоров, застывший в своём нестандартном виде. Её носители — потомки тех, чьё имя при записи «потеряло» букву, но сохранило главное: память о предке-победителе.