Фамилия Никифоренкова образована от мужского крестильного имени Никифор, что в переводе с греческого означает «победоносец». В основе лежит отчество: Никифоренков — это буквально «сын Никифора» или «потомок Никифора». Суффикс -енков в русской ономастике указывает на происхождение от личного имени с основой на согласный, и такая модель была особенно распространена в южнорусских и украинских землях, откуда фамилия впоследствии распространилась шире.

Скорее всего, основатель рода Никифоренковых был представителем высшего сословия. На это указывает сама форма фамилии: полное имя Никифор, а не его уменьшительные варианты, использовалось в среде, где ценили книжную, церковную традицию именования. Впрочем, не стоит исключать и другой путь: Никифор — одно из самых частых имён в среде духовенства, поэтому род мог иметь и священнические корни.

Интересно, что в существующих источниках встречается и родственная форма Наприенко. Вероятно, род Наприенко переехал в Россию, где произошла русификация фамилии путём добавления суффикса -ов. Так Наприенко превратился в Никифоренкова, а уже от мужской формы образовалась женская — Никифоренкова, по обычной для русских фамилий модели. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никифор, со временем получил фамилию Никифоренков, а его жена или дочь стали писаться Никифоренковыми.

Сам по себе суффикс -енков типичен для фамилий, которые закрепились в северных и центральных губерниях России, куда переселенцы с юга приносили свои отчества. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Никифоров, Никифоровский, Никифорец, — то Никифоренков выделяется именно уменьшительно-патронимическим оттенком: он подчёркивает не просто принадлежность роду, а прямую линию наследования от конкретного человека.