Фамилия Никифоркина — женская форма от Никифоркин, а та, в свою очередь, образована от имени Никифорка. Это не что иное, как разговорная, уменьшительная форма канонического крестильного имени Никифор. Имя греческого происхождения (Nikephoros) переводится как «несущий победу», «победоносец». В русской народной среде имя было популярно, и от него пошли десятки фамилий: Никифоров, Никишин, Никишев, Никифоркин — один из вариантов.

Суффикс -к- в основе Никифорка указывает на то, что так в быту называли ребёнка или младшего члена семьи. Фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а/-я: чей? — Никифоркин, то есть сын или потомок Никифорки. Интересно, что полная форма «Никифор» в народе часто переиначивалась: её могли произносить как Микифор, отсюда фамилии Микифоров, Микифоркин, а также Микиша. Фамилия Никифоркина географически тяготеет к центральным и северным областям России, где имя Никифор было особенно распространено среди крестьян и посадских людей.

С точки зрения словообразования, это типичная «патронимическая» фамилия (по отцу), но с редким суффиксом -ин, присоединённым к уменьшительному имени. Большинство фамилий от Никифора заканчиваются на -ов, а вариант с -ин встречается реже, что делает его отличительной чертой. Если предок носителя фамилии был Никифоркой, то в документах XVII–XVIII веков его могли записать как «Никифорка сын такой-то», а позже это прозвание закрепилось за родом. Сословной принадлежности фамилия не раскрывает — её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство.