Фамилия Никиштин — один из тех случаев, когда на слух легко перепутать отчество и фамилию. Она образована от имени Никишта. Это не самостоятельное календарное имя, а народная, разговорная форма от полного церковного имени Никита. В русской традиции имя Никита, популярное в крестьянской и купеческой среде, дало целый «куст» фамилий: Никитин, Никитский, Никитенко, а также Никишин, Никишов и Никиштин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Никиштин буквально означает «чей?» — сын Никишты, то есть потомок человека, которого в быту звали Никиштой.

Важно не путать эту фамилию с Никитиным. Разница в суффиксе не случайна. Если Никитин — самая массовая форма от полного имени, то Никиштин — более редкий вариант, возникший из уменьшительно-ласкательного или даже пренебрежительного прозвища. Форма Никишта могла закрепиться за человеком в детстве или в кругу близких, а затем, при переходе в фамилию, она «застыла» именно в таком виде. Это типично для северных и центральных областей России, где любили усечённые имена с суффиксом -ш-: Паша, Маша, Гриша — отсюда же Пашин, Машин, Гришин. Никишта — та же модель: имя Никита + суффикс -ш- + окончание -а.

Географически фамилия встречается не повсеместно. По данным современных баз, её носители сосредоточены в основном в Поволжье, особенно в Нижегородской и Кировской областях, а также в Удмуртии. Это говорит о том, что фамилия могла сформироваться в среде государственных крестьян или однодворцев, где именослов был консервативным, а прозвища — живучими. В дворянских и купеческих родословных книгах Никиштины не фигурируют, что подтверждает её простонародное происхождение.

С точки зрения словообразования у фамилии есть одна особенность. В ней два суффикса подряд: -ш- (уменьшительный) и -т- (в некоторых говорах он мог усиливать или видоизменять звучание). Такая двойная обработка имени — редкость. Обычно говорят Никиша или Никишка, а форма Никишта — более специфическая, возможно, диалектная. Она могла возникнуть под влиянием местного произношения, где сочетание «шт» звучало естественнее, чем «шк».

Если искать однокоренные фамилии по той же модели, то ближайшие аналоги — не Никитин, а более редкие Тиштин (от Тихон → Тиша → Тишта) или Миштин (от Михаил → Миша → Мишта). Все они указывают на одну и ту же северно-русскую или вятскую манеру «сжимать» имена до двух-трёх слогов, а затем прибавлять фамильный суффикс. Никиштин — живой след этой диалектной традиции, сохранившийся в фамилии, хотя само прозвище Никишта давно вышло из обихода.