Фамилия Никишурин — редкий пример того, как уменьшительное имя, прозвище и фамильный суффикс сложились в конструкцию, которую не сразу прочтёшь правильно. На первый взгляд, корень «Никиш» напоминает о крестильном имени Никита (от греч. «победитель»), но здесь работает не прямой суффикс -ин, а более сложная модель.

Основа фамилии — Никишура. Это не имя, а прозвище или разговорная форма, образованная от имени Никита с помощью суффикса -ур(а). В русской антропонимии такие суффиксы (как -ура, -юра, -ыра) часто придавали слову фамильярный, а иногда и пренебрежительный оттенок: ср. Мишура, Петрура, Ванюра. То есть Никишура — это «Никита» в сниженном, бытовом варианте, как могли назвать мальчика или взрослого в кругу семьи или в рабочей среде.

Дальше фамилия строится по стандартной модели: от прозвища Никишура через притяжательный суффикс -ин образуется Никишурин — «чей?» — сын Никишуры. Такой способ типичен для русских фамилий XVI–XVII веков, особенно в среде крестьян и посадских людей: сначала отчество закреплялось за одним человеком, а затем передавалось детям как фамилия.

Географически фамилия Никишурин редкая. По данным современных исследований, её носители встречаются в основном в центральных и южных областях России, а также на Урале, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центра. Встречаемость низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одной семьи или даже одного человека по прозвищу Никишура.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде, где имя Никита было особенно популярно — например, среди старообрядцев, которые часто использовали традиционные имена и их производные. Но документальных подтверждений этому нет, поэтому основная гипотеза остаётся бытовой: Никишура — прозвище, а Никишурин — его потомок.