Фамилия Никитонова — женская форма, образованная от мужской Никитонов. В основе лежит просторечная или диалектная форма канонического имени Никита. В русской ономастике это имя дало множество производных: Никитин (самая распространённая), Никитский, Никитенко, Никитюк. Фамилия Никитонов стоит особняком благодаря суффиксу -онов, который встречается реже, чем стандартный -ин.

Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я: Никита → Никитин. Здесь же мы видим форму Никитон, где к основе Никит- добавился суффикс -он. В русских говорах, особенно в северных и центральных областях, существовали уменьшительные или обиходные варианты имён с суффиксом -он: Никитон, Мирон (от Мирон), Сидор (от Сидор). Таким образом, Никитон — это народная, разговорная версия имени Никита, которая и закрепилась в фамилии. Патронимический суффикс -ов присоединился уже к этой основе, что и дало форму Никитонов.

Вероятнее всего, прозвище или неофициальное имя Никитон носил родоначальник. Такие формы часто возникали в среде крестьян и посадских людей, где церковное имя могло переделываться на местный лад. Фамилия Никитонова — недворянская, её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды. Географически фамилия встречается в основном в центральной России и Поволжье, но не является массовой, что подтверждает её локальное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Никитонов — один из вариантов, возникший в зоне влияния «окающих» говоров, где форма Никитон звучала естественно. В отличие от Никитина, эта фамилия не получила широкого распространения, что делает её более редкой и ценной для генеалогического поиска. Если вы ищете предков по этой фамилии, стоит обратить внимание на документы XIX века из нечернозёмных губерний — там вероятность найти корни выше.