Фамилия Никохина — одна из тех, что на первый взгляд кажутся простыми, но при детальном разборе ставят перед исследователем несколько загадок. Её основа, суффикс и географическое распространение указывают на разные, но одинаково правдоподобные версии происхождения.

С точки зрения словообразования, фамилия принадлежит к самой массовой модели русских фамилий — на -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, и указывал на принадлежность: «чей сын?» — Никохин, то есть сын Никохи. Мужская форма — Никохин. Женская — Никохина.

Главная сложность — в корне «Никох». Это неканоническое имя или прозвище. Первая и самая вероятная версия: Никох — это производная, народная форма от крестильного имени Никифор (в переводе с греческого «несущий победу»). В русской среде имя Никифор давало множество уменьшительных вариантов: Никиша, Ника, Никоша, а также Никох. Усечение основы и замена суффикса — типичный процесс для бытовой речи. Таким образом, Никоха — это ласковое или просторечное обращение к человеку по имени Никифор. Если эта верция верна, то предок носителя фамилии был Никифором, которого в семье или в деревне звали Никохой.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, отсылает к редкому нецерковному имени или прозвищу. В старину «никоха» могли называть человека с определёнными чертами характера или внешности, но зафиксированных значений у этого слова в диалектных словарях нет. Возможно, это искажённое «никоша» — от «никнуть» (поникать, быть печальным), но фонетически переход «ш» в «х» в русских говорах встречается нечасто.

География фамилии подсказывает дополнительный ключ. Фамилия Никохин (и Никохина) встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Это регионы, где хорошо сохранились архаичные формы имён и прозвищ. В этих же местах имя Никифор было очень популярно, а его производные — Никоша и Никоха — бытовали вплоть до XX века.

Таким образом, наиболее обоснованным выглядит происхождение от имени Никифор. Фамилия Никохина — это типичный пример того, как церковное имя, пройдя через горнило народного произношения, превращалось в фамильное прозвание. Правописание через «х» (а не через «ш») — это не ошибка, а фиксация именно той звуковой формы, которая закрепилась в конкретной семье или местности.