Фамилия Никохин — нечастая, но прозрачная по происхождению. Она образована от имени Никоха, которое в свою очередь является народной, обиходной формой канонического имени Никифор. В православных святцах это имя греческого происхождения, означающее «победоносец», но в быту оно сокращалось до Никоша, Никоха — так же, как из Пантелеймона получался Пантеха, а из Евдокима — Доха. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Никохин буквально значит «сын Никохи» или «человек из семьи Никохи».

Интересно, что в этом случае мы видим не самый распространённый вариант сокращения. Чаще от Никифора образовывали фамилии Никифоров, Никишин, Никишкин. Форма Никоха — более редкая, возможно диалектная или связанная с конкретной местностью. Судя по географии, фамилия Никохин встречается в центральных областях России и в Поволжье, но нигде не образует плотных гнёзд. Это типичная фамилия крестьянского или мещанского сословия, возникшая не раньше XVI–XVII веков, когда у русских людей окончательно закрепилась модель фамилий на -ов/-ев и -ин.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение. По аналогии с другими фамилиями на -охин (Блохин, Плохин) оно, скорее всего, падает на второй слог: Нико́хин. Первый слог произносится как «ни», а не «ны» — это сохраняет связь с полным именем Никифор. Если бы основа была от слова «нихо» (несуществующего в русском языке), ударение сместилось бы, но ономастика указывает на именное происхождение.

Других убедительных версий у фамилии нет. Связь с прозвищем от «никать» или «низкий» маловероятна: для таких основ в русском языке есть свои словообразовательные модели (Никанов, Никитин), и суффикс -охин к ним не примыкает. Так что Никохин — это «внук Никохи», то есть потомок человека, которого в быту звали сокращённо от Никифора. В этом смысле фамилия хранит память о живом, неофициальном имени предка, которое со временем почти вышло из употребления.