Фамилия Никоноркин — наглядный пример того, как в русской ономастике отчество превратилось в фамилию через уменьшительно-ласкательную форму. В основе лежит каноническое мужское имя Никонор. Оно древнегреческого происхождения, от слов nike — «победа» и aner (родительный падеж andros) — «мужчина», так что Никонор дословно означает «победоносный муж». Имя это встречалось в святцах, но никогда не было массовым: его давали в крестьянской и мещанской среде, реже — в купеческой.

Суффикс -кин указывает на то, что фамилия образована от обиходной, «домашней» формы имени — Никонорка. В русской традиции так называли младшего члена семьи или просто человека, к которому относились с теплотой. Если бы фамилия возникла прямо от полного имени Никонор, мы бы имели вариант Никоноров. Но суффикс -ин (в виде -кин) говорит о принадлежности: «чей сын?» — «Никоноркин», то есть сын Никонорки. Модель типична для центральной и северной России, где отчества на -ин широко вытесняли патронимы на -ов.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Вятскому краю. В переписях XIX века Никоноркины встречаются среди государственных крестьян Казанской и Вятской губерний. Это не случайно: имя Никонор, хоть и редкое, держалось в старообрядческих общинах, которые были сильны именно в этих местах. Старообрядцы часто выбирали для детей имена из святцев, избегая новомодных, и Никонор попадал в их число.

Интересно, что фамилия Никоноркин стоит в одном ряду с однокоренными, но более редкими Никоноровым и Никонорским. Первая — прямое отчество от полного имени, вторая — искусственная семинарская фамилия, которую могли дать ученику духовного училища (по названию села или храма). Никоноркин же остался «народным», не книжным вариантом, и в этом его ценность для историка: он сохранил живую речь русского крестьянина, называвшего своего сына ласково, но без сюсюканья — Никонорка.