Фамилия Никоноркина — женская форма от Никоноркин, и её основа почти наверняка восходит к каноническому мужскому имени Никанор. Это имя греческого происхождения (Νικάνωρ, от nike — «победа» и aner — «муж»), означающее «победоносный муж» или «несущий победу». В святцах оно известно по нескольким раннехристианским мученикам, один из которых, апостол от семидесяти Никанор, упоминается в Деяниях апостолов.

Однако в русской народной традиции имя Никанор часто переделывали в более привычную форму Никонор — с заменой «а» на «о» под влиянием простонародного произношения и аналогии с другими именами (вроде Никон, Никодим). От этой разговорной формы Никонор и возникла фамилия Никоноркин, а затем и Никоноркина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «сын или дочь Никонорки» (где Никонорка — ласкательная или обиходная форма того же имени). Таким образом, фамилия — типичный пример патронимического образования, характерного для русских фамилий на -ин, которые в основном бытовали в северных и центральных губерниях России.

Особенность фамилии Никоноркина — её относительная редкость и фонетическая «простонародность». В отличие от более «книжной» формы Никаноров, вариант Никоноркин закрепился именно в крестьянской и мещанской среде, где имя Никонор не считалось редким, но к XX веку почти вышло из употребления. По данным переписей и метрических книг, носители фамилии чаще всего встречаются в Поволжье, особенно в Самарской и Саратовской областях, а также в некоторых районах Сибири, куда переселились крестьяне из центральной России.

Словообразовательная модель проста: имя Никонор → уменьшительное Никонорка (с суффиксом -к-, который в русском языке образует обиходные формы имён) → притяжательное прилагательное Никоноркин → фамилия Никоноркин (а для женщин — Никоноркина). Споров о происхождении почти нет: альтернативные версии, связывающие фамилию с прозвищем от диалектного слова «никонорка» (якобы так в каких-то говорах называли неловкого человека), не подкреплены серьёзными источниками и выглядят натяжкой — гораздо логичнее предположить, что и прозвище, и фамилия восходят к тому же имени.

Коротко: предки носительницы фамилии Никоноркина — люди, чьего отца или деда звали Никонор (в быту — Никонорка). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, с характерным для русской глубинки звучанием.