Фамилия Никулишина — женская форма мужской фамилии Никулишин, а та, в свою очередь, образована от имени Никулиша. Это неофициальная, разговорная форма канонического имени Николай. В основе лежит греческое Nikolaos, что означает «победитель народов». Уменьшительно-ласкательные варианты на -уша (Никуша, Никулиша) были очень распространены в русской деревне: так называли не только детей, но и взрослых в быту. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Никулишин буквально значит «сын Никулиши» или «человек из семьи Никули».

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, модель с суффиксом -ин в этой фамилии закрепилась не от отчества, а от прозвища или уличного имени. То есть предка звали не Никулиша в паспорте, а так его кликали соседи, и это прозвище перешло в фамилию. Такое явление характерно для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин нередко образовывались именно от обиходных, а не от крестильных форм.

Редкость фамилии в том, что основа Никулиш- встречается заметно реже, чем, скажем, Никулин или Никольский. Если Никулиных — одна из самых распространённых русских фамилий (благодаря знаменитому артисту), то Никулишины — вариант локальный, вероятно, сформировавшийся в одном или нескольких соседних уездах. Географически следы фамилии ведут в основном на юг России: в воронежские, ростовские, курские архивы XIX века Никулишины встречаются как крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это стопроцентно крестьянская или посадская фамилия, что типично для форм на -иша.

В написании возможна путаница с похожей фамилией Никулищев — там суффикс -ищ- имел увеличительное значение («большой Никула»), тогда как -иш- в Никулишине — уменьшительное, ласкательное. То есть предок Никулишин был не «большим», а скорее младшим или тем, кого ласково звали в семье.