Фамилия Ниниченко звучит как типичная украинская фамилия, и её разбор это подтверждает. Модель образования здесь прозрачна: суффикс -енко, самый распространённый в украинской ономастике, указывает на происхождение от отца или предка («сын такого-то»). Основа же — Нинич, что является краткой формой от имени Никита или, реже, от Никанор.

В украинской традиции уменьшительные формы имён часто заканчивались на -ич (Никита — Никич, а в просторечии — Нинич). Поскольку в украинском языке нет чередования к/ч в этом случае, форма Нинич могла возникнуть как результат смягчения и упрощения: Никита → Никич → Нинич. Затем к этой основе добавили патронимический суффикс -енко: Нинич + енко = Ниниченко. Буквально фамилия значит «потомок (сын) Нинича», то есть внук человека по имени Никита.

Есть и более редкая версия, которую не стоит отметать: основа могла быть не от канонического имени, а от прозвища. В украинских говорах слово «нинька» или «нинча» могло означать ласковое обращение к младшему или, наоборот, к няньке. Но в таком случае фамилия была бы скорее Ниниченко от прозвища Ниня, а не от Нинич. Первая версия — с именем Никита — выглядит убедительнее, так как опирается на типовую модель украинских фамилий.

Географически фамилия сосредоточена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Днепропетровской областях. В России она встречается редко и чаще всего среди потомков переселенцев с Украины конца XIX — начала XX века. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как в украинской среде фамилии на -енко массово закрепились именно за этими группами, в то время как шляхта чаще носила фамилии на -ский.

Таким образом, Ниниченко — это патроним, который прямо говорит о предке: ваш пращур по мужской линии носил уменьшительное имя Нинич, производное от Никиты. Фамилия не редкая, но и не слишком частая, сохранившая свою украинскую словообразовательную форму без русификации.