Фамилия Нинюк — яркий пример украинской модели фамилии на -юк, которая указывает на происхождение от предка по имени или прозвищу. Суффикс -юк (как и -ук, -чук) в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», то есть Нинюк — это «сын Нины» или «потомок Нины». Но здесь есть важный нюанс: имя Нина в народной среде могло быть как женским (каноническое имя), так и уменьшительной формой мужских имен — например, Никон, Никита или Аникита. В украинских говорах нередко усекали полные имена до коротких основ: Никон превращался в Нина (или Ниньо), а уже от него образовывали фамилию с патронимическим суффиксом. Таким образом, предок носителя фамилии Нинюк мог зваться Нина — либо мужчина с уменьшительным именем от Никона, либо женщина, чей сын получил фамилию по матери (такое случалось в семьях, где отец был неизвестен или умер рано, но реже, чем патронимы по отцу).

Вторая версия, менее распространенная, связывает фамилию с диалектным словом «ниня» — так в некоторых западных регионах Украины называли няню или кормилицу. Тогда Нинюк — потомок человека, который был нянькой или имел отношение к воспитанию детей. Но это предположение уступает первой версии по частотности: патронимические фамилии на -юк в украинской ономастике доминируют, и большинство из них образованы от личных имен, а не от профессий.

Географически фамилия Нинюк тяготеет к западным областям Украины — Волыни, Подолью, Закарпатью. В России и Беларуси она встречается редко, чаще как результат миграции украинцев в XIX—XX веках. Интересно, что в польских переписях XVII—XVIII веков фиксировались похожие формы — Нинь, Ниневич, что подтверждает древность корня. Сословного барьера у фамилии не было: Нинюками могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане, так как имя Никон (основа) было распространено среди всех слоев населения.

Сегодня фамилия остается редкой, но устойчивой: по данным открытых источников, в Украине проживает около тысячи человек с такой фамилией, преимущественно в Хмельницкой и Ровенской областях. Написание с одной «н» (не «Ниннюк») — норма для украинской орфографии, где мягкость согласного передается суффиксом.