Фамилия Нинько звучит по-украински: суффикс -ко в ней — классический уменьшительно-ласкательный, характерный для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. Он превращал личное имя или прозвище в семейное прозвание, отвечая на вопрос «чей?»: Нинько — это сын, потомок Нины или Нины. Но с основой всё не так однозначно, и здесь сталкиваются как минимум две версии.

Первая гипотеза отталкивается от славянского глагола «нинати» — «дремать, видеть сны». Прозвище Нинько могли дать человеку задумчивому, склонному к мечтам и фантазиям, или же тому, кто любил подолгу спать, особенно после обеда. Такие прозвища по привычкам и характеру — частый источник фамилий: они приживались в деревне, где поведение каждого было на виду. Однако у этой версии есть слабое место: глагол «нинати» в славянских языках редкий и книжный, в живой речи он почти не встречался. Поэтому правдоподобнее выглядит связь с украинским нарицательным «нинька» — «сегодня». В этом случае Нинько прозвали бы человека обязательного, который всё делает вовремя, не откладывает на завтра, живёт сегодняшним днём. Прозвище могло возникнуть как ироничный ответ на чью-то пунктуальность или, наоборот, как похвала надёжному работнику.

Третья версия выводит фамилию напрямую от женского крестильного имени Нина. С этим именем связано немало толкований: его переводят и как «ласковая», и как «госпожа, царица», и как «юность». Особую роль здесь играет Святая Нина, просветительница Грузии. Согласно житию, она исцелила от тяжёлого недуга царицу Нану, и та приняла крещение, из идолопоклонницы став ревностной христианкой. Но царь Мириан (265–342), поддавшись наущениям язычников, готов был подвергнуть святую жестоким мучениям. «В то самое время, как вымышляли казнь святой праведнице, померкло солнце и непроницаемая мгла покрыла место, где находился царь». Царь внезапно ослеп, а поражённая ужасом свита начала умолять своих идолов о возвращении дневного света. «Но Армаз, Заден, Гаим и Гаци были глухи, и мрак умножился. Тогда устрашенные единогласно воззвали к Богу, которого проповедовала Нина. Мгновенно рассеялся мрак, и солнце осветило всё своими лучами». Событие это совершилось 6 мая 319 года. Однако для крестьянской среды, где фамилии чаще всего и закреплялись, имя Нина вплоть до XIX века было редкостью: в святцах оно числилось, но широкого хождения не имело. Так что версия с именем хоть и красива, но менее убедительна для массового бытования фамилии.

Скорее всего, фамилия Нинько всё же прозвищного происхождения и связана с украинским «нинька». Такое прозвище могло закрепиться за человеком в Запорожской Сечи или в слободских казачьих полках, где украинский язык был основным. Суффикс -ко в тех краях присоединяли к самым разным основам, и Нинько — типичный пример такой модели. От той же основы, кстати, могли пойти и фамилии Ниненко, Нинич, Ниньков — все они родственники по корню, хотя и звучат по-разному. Сегодня фамилия Нинько встречается в основном на Украине и в южных областях России, что подтверждает её региональное происхождение.