Фамилия Нисай — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет типичного фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский), поэтому она почти наверняка не славянского происхождения, а представляет собой застывшую форму прозвища или имени.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к тюркскому или кавказскому имени Нисай. В тюркских языках «нысай» (или «нисай») может означать «знак», «метка», «ориентир», а иногда использовалось как личное имя со значением «меткий», «попадающий в цель». У народов Северного Кавказа имя Нисай встречается как женское, реже мужское, и может быть связано с арабским корнем «ниса» (женщина), но это менее вероятно для фамилии.

Вторая, более спорная версия — связь с ивритским именем Нисай (ניסי), которое означает «моё чудо» или «мой знак». Такое имя могло бытовать в еврейских общинах, но в русской среде фамилия Нисай встречается крайне редко и обычно фиксируется у народов Поволжья или Кавказа.

Географически фамилия Нисай чаще всего встречается у татар, башкир, а также у народов Дагестана. В русских архивных документах она почти не фиксируется. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, не были крестьянами центральной России, а происходили из регионов, где имя Нисай было в ходу.

Обратите внимание на ударение: если оно падает на последний слог (Ниса́й), это типично для тюркских заимствований. Если на первый (Ни́сай) — возможно, вариант русификации. Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что подчёркивает её изолированность и недавнее появление в русском антропонимиконе.