Фамилия Нисенко — характерный пример фамилии, образованной от личного имени через суффикс -енко. Этот суффикс — один из главных маркеров украинской ономастики, и в данном случае он указывает на происхождение носителей с территории современной Украины или южнорусских земель, где влияние малороссийской традиции было сильным.

Основа фамилии — имя Нисен, которое само по себе является производным. Скорее всего, это народная форма от канонического имени Анисий (Анис). В обиходе имя сокращали: Анис → Нис → Нисен. Суффикс -ен в этом имени — уменьшительно-ласкательный, он же мог оформлять и отчество: «чей сын?» — Нисенов, то есть сын Ниса. А уже от этой отческой формы по украинской модели появилась фамилия Нисенко — «потомок Нисена».

Менее вероятна, но возможна связь с еврейским именем Нисон (от ивритского «чудо»), которое могло бытовать в среде ашкеназов. Однако суффикс -енко — типично славянский, и для еврейских фамилий он несвойственен. Поэтому версия с именем Анисий выглядит убедительнее.

В сословном плане фамилия Нисенко не указывает на дворянство или духовенство. Такие фамилии на -енко массово закреплялись за казаками, крестьянами и мещанами Левобережной и Слободской Украины в XVII–XVIII веках. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был выходцем из сельской среды — свободным земледельцем или казаком, чью родословную стоит искать в реестрах Войска Запорожского или исповедных ведомостях Полтавской, Черниговской или Харьковской губерний.