Фамилия Нисина — редкий случай, когда при разборе сразу упираешься в два возможных корня, и выбор между ними зависит от того, кто именно нёс фамилию. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я: от имени, прозвища или профессии. Здесь основа — Нис-, а дальше начинается самое интересное.

Самый вероятный вариант — происхождение от уменьшительной формы мужского имени Никита. В народной речи имя сокращали до Ни́ся (как Миша от Михаил, Гриша от Григорий). От этого «Нися» через притяжательный суффикс и появилась фамилия Нисина — буквально «жена или дочь Ниси». В таком случае это чисто русская фамилия, образованная по той же модели, что и Дёмин (от Дёма), или Тишин (от Тиша).

Но есть и вторая версия, которая объясняет, почему фамилия встречается в некоторых нетипичных регионах. В ряде тюркских языков нис или ныс — слово со значением «слабый», «хилый», «мелкий». Если предок получил прозвище Ниса за невысокий рост или болезненность, фамилия могла закрепиться в среде татар, башкир или других народов Поволжья. Эта версия правдоподобна, если носители фамилии — из регионов с сильным тюркским влиянием.

География фамилии подсказывает: чаще всего Нисины встречаются на юге России и в Поволжье, что делает обе версии рабочими. Типично русский суффикс -ин при этом мог «перекрыть» тюркскую основу — фамилию просто оформили по привычной модели.

Обрати внимание на ударение. В русском языке оно обычно падает на второй слог: Ни́сина. Если же в документах встречается вариант Нисина́ (с ударением на последний слог), это может указывать на еврейское происхождение — от мужского имени Нисс (вариант имени Нисим, означающего «чудеса» на иврите). Такая фамилия встречается у ашкеназских евреев, но крайне редко.

Итого: для 80% носителей фамилия Нисина — это «сын или дочь Ниси», то есть потомок человека по имени Никита. Остальные 20% могут иметь тюркские корни, связанные с прозвищем по внешности.