Фамилия Нисен — редкий случай, когда носитель с высокой вероятностью может определить её происхождение, даже не заглядывая в словари. Она почти наверняка не русская по корню, и это заметно по строению.

Основа фамилии — имя или прозвище Нис(с). Скорее всего, перед нами патроним (фамилия по отцу), образованный с помощью суффикса -ен. В русской ономастике такой суффикс встречается редко, но он характерен для украинской и белорусской традиции, где -енко, -еня, -ен — типичные способы указать на «сына такого-то» (ср. украинские Павленко, Ткаченко, белорусские Коваленя). Таким образом, Нисен могло означать «сын Ниса».

Но откуда взялось само имя Нис? Здесь возможны два пути, и оба ведут за пределы славянского мира. Первый и самый очевидный — еврейское происхождение. Нис (ניס) — это вариант имени Ниссан (Нисан), которое связано с названием весеннего месяца нисан по еврейскому календарю. В ашкеназской среде такие «календарные» имена встречались, хоть и не были массовыми. Фамилия Нисен могла закрепиться в еврейских семьях на территории черты оседлости (Украина, Беларусь, Польша) именно в XIX веке, когда империи требовали от евреев взять постоянные фамилии.

Второй, менее вероятный, но не исключённый вариант — немецкие или скандинавские корни. В немецком языке Nissen — это форма от имени Nis, сокращения от Dionysius (Дионисий). Фамилия Nissen довольно распространена в Дании, Норвегии и северной Германии. В этом случае носитель мог получить фамилию от предка-колониста или переселенца, например, из числа прибалтийских немцев.

Географически фамилия Нисен сегодня встречается в России, Украине, Израиле и США, но нигде не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что она не возникла в одном селе от одного родоначальника, а скорее появлялась независимо в разных местах как фамилия по отцу. Единственное, что можно сказать с уверенностью: русский суффикс -ов/-ев здесь не работает, а значит, фамилия не вписана в стандартную модель русских крестьянских фамилий. Её носители — потомки людей, которые либо носили неканоническое имя Нис, либо получили фамилию при административном учёте по имени отца, которое не вписывалось в православные святцы.