Фамилия Обоян — один из тех редких случаев, когда географическое название почти без изменений стало родовым именем. В основе лежит название города Обоянь в Курской области. Такая модель образования — от названия города или местности без дополнительного суффикса — встречается нечасто. Обычно фамилии образовывали с помощью формантов -ский/-цкий (Обоянский) или -ин/-ов (Обоянов). Обоян — это краткая, «усечённая» форма, которая могла закрепиться за человеком, приехавшим из Обояни, в тех местах, где такое прозвище было понятно без пояснений.

Слово «Обоянь» имеет древнее происхождение. По наиболее распространённой версии, оно связано с гидронимом — рекой Обоянью (приток Псла). Название реки, в свою очередь, возводят к тюркскому «оба» (стойбище, становище) или к славянскому корню «бояти» (пугать, наводить страх), что указывает на бурный нрав реки. Таким образом, фамилия Обоян косвенно несёт в себе память о реке или о древнем поселении у её берегов.

Суффикса в фамилии нет — она представляет собой чистую основу. Это указывает на то, что прозвище Обоян могли дать человеку не в канцелярии при оформлении документов, а в устной речи, в крестьянской или мещанской среде. В официальных переписях такую фамилию могли «исправить» на более привычную Обоянский, поэтому носители фамилии Обоян — это, скорее всего, потомки тех, кто сумел сохранить первоначальное прозвище в неизменном виде.

Встречается фамилия в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине — в регионах, исторически связанных с Курской губернией. Социальный состав предков, вероятно, был разнородным: от однодворцев (государственных крестьян, живших на южных рубежах) до купцов и мещан, чьи предки переселились из Обояни в другие города. Точных данных о сословной принадлежности всех носителей нет, но география бытования фамилии надёжно указывает на её корни.