Фамилия Онипа — редкий случай, когда основа не даёт очевидной отсылки к профессии, имени или внешности. Скорее всего, перед нами прозвище, застывшее в форме, нехарактерной для русской ономастики. Суффикс -а в конце — типичное окончание для украинских, белорусских и польских фамилий, образованных от личных имён или прозвищ. Но корень «Онип» не встречается в славянских именословах в качестве самостоятельного имени.

Наиболее правдоподобная версия — фамилия восходит к каноническому имени Онисим (от греческого «полезный»). В народной речи это имя давало множество вариантов: Онисим, Ониска, Оникей. Форма «Онипа» могла возникнуть как сокращение от Онисим-па (с отпадением части корня) или как результат переосмысления старого прозвища. В пользу этого говорит и то, что фамилии на -па встречаются в южнорусских и украинских говорах (сравните: Онипко, Онипченко).

Вторая версия — фамилия могла быть искусственно переделана при записи в метрические книги. Писарь, услышав прозвище «Онипа», мог записать его на слух, не имея стандартного написания. В таком случае исходное прозвище могло означать нечто иное, но сегодня восстановить его почти невозможно.

Географически фамилия тяготеет к западу России и Украине. Встречается в Черниговской, Киевской и Житомирской областях, а также в приграничных районах Беларуси. Носители фамилии — скорее всего, потомки крестьян или казаков, так как в дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется.

Редкость фамилии (менее сотни носителей в современных базах) говорит о том, что она не прошла через массовую унификацию в советское время и сохранила локальный, почти деревенский характер.