Фамилия Ованенко образована по распространенной на юге России и Украины модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». Если разобрать фамилию на части, то корень здесь — личное имя Ован, а суффикс -енко указывает на отчество: Ованенко — буквально «Ованов сын». Такая словообразовательная схема характерна для украинской ономастики XVII–XVIII веков, когда фамилии на -енко активно закреплялись за казацкими родами и крестьянскими семьями.

Сам корень Ован допускает две версии происхождения. Первая связывает его с нарицательным словом, которое в некоторых славянских языках означает «баран». В этом случае имя Ован могло быть мирским, нецерковным прозвищем, которым нарекали человека за сходство характера, упрямство или внешние черты. Мирские имена из названий животных были обычным делом в древнерусской традиции, поэтому такая версия имеет право на существование.

Вторая версия выглядит более правдоподобной. Ован — это народная, обиходная форма канонического имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «Божия благодать» или «Божья милость». В южнорусских и украинских говорах имя Иоанн нередко редуцировалось до простых форм вроде Иван, Ован или Опанас. С учетом того, что фамилия Ованенко бытует преимущественно в регионах, где украинское влияние на язык было сильным, версия о происхождении от формы Иоанна выглядит предпочтительнее.

Потомок человека по имени Ован со временем получал фамилию Ованенко, и она закреплялась за его детьми и внуками. В документах встречаются носители этой фамилии, родившиеся в первой четверти XX века. Так, в материалах Томской области упоминаются Александр Трофимович Ованенко (1924 года рождения), Анастасия Тимофеевна Ованенко (1922 года рождения) и Анна Трофимовна Ованенко (1925 года рождения). Все они были уроженцами Алтайского края, что подтверждает миграцию семей с юга России в Сибирь в годы столыпинских переселений или в более поздний период.

Интересно, что фамилия Ованенко не слишком распространена и встречается реже, чем однокоренные Иваненко или Ованесов. Это объясняется тем, что форма Ован в качестве самостоятельного имени использовалась локально, а не повсеместно. Встречающееся написание с одной «н» закрепилось в документах, хотя при желании можно найти и вариант Овваненко, но он уже относится к иной, армянской традиции именования. Русская же фамилия Ованенко сохранила в себе и память о древнем имени, и указание на родство через отчество, что типично для восточнославянских фамильных моделей.