Фамилия Панатов — редкий случай, когда основа слова не даёт однозначного ответа, но сама модель образования указывает на конкретную социальную среду. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Перед нами — Панат-ов, то есть «сын Паната» или «принадлежащий Панату».

Главная загадка — что такое «Панат»? Это не каноническое крестильное имя, не распространённое прозвище и не название профессии. Скорее всего, перед нами усечённая или диалектная форма какого-то более длинного имени. Самая вероятная версия: Панат — это просторечный вариант греческого имени Панайот (Παναγιώτης), которое в русской традиции нередко сокращали до Панат, Пана́т или Пана́ша. Имя Панайот означает «всесвятой» (от греч. pan — «весь» и hagios — «святой»). Такая версия правдоподобна, потому что фамилии на -ов от греческих имён встречаются в южнорусских и казачьих регионах, особенно там, где было сильно влияние греческой диаспоры или греческого духовенства.

Менее убедительная, но возможная гипотеза — связь с диалектным глаголом «панать» (понимать, соображать) или с украинским «панати» (становиться паном, важничать). В таком случае Панатом могли прозвать либо понятливого, либо заносчивого человека. Однако ни в одном серьёзном словаре русских прозвищ эта основа не зафиксирована, поэтому лингвисты отдают предпочтение «греческому» следу.

Фамилия Панатов — нечастая. Она не попала в сводки боярских родов и не встречается в старых писцовых книгах центральной России. Её география тяготеет к югу: Ростовская область, Краснодарский край, а также к регионам, где исторически селились греки (Приазовье, Крым). Это косвенно подтверждает версию о происхождении от имени Панайот.

По сословной принадлежности предки Панатовых, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилия образована по простой отческой модели, без дворянских суффиксов (-ский), что типично для непривилегированных слоёв. Встречаются и болгарские носители фамилии Панатов — там она образована от имени Панат (краткая форма от Панайот) по той же модели, но с ударением на последний слог.