Фамилия Панфилочкина образована от мужского крестильного имени Памфил, которое в переводе с греческого означает «всеми любимый». В основу фамилии легла не сама каноническая форма, а её уменьшительно-ласкательный вариант Панфилочка. Такая модель — от домашнего, «внутрисемейного» имени — характерна для простонародной среды, где полное церковное имя в быту почти не использовали. Поэтому скорее всего основатель рода Панфилочкиных был выходцем из простого сословия, а его потомки со временем получили фамилию по этому ласковому прозвищу-имени.

Интересно, что в русской ономастике фамилии на -очкин встречаются заметно реже, чем на -ов или -ин. Суффикс -очк- добавляет имени особую теплоту и указывает на то, что прозвище закрепилось в кругу близких людей. Если бы фамилия произошла от полной формы, мы бы имели дело с Панфиловыми или Памфиловыми. Вариант же Панфилочкин сохранил именно ту форму, которую использовали мать или отец, обращаясь к сыну.

Само имя Памфил пришло на Русь вместе с христианством и долго оставалось редким, преимущественно монашеским. В крестьянской и посадской среде оно встречалось нечасто, поэтому каждая такая фамилия — это маленький след конкретной семьи, где имя передавалось из поколения в поколение. В написании фамилии встречается двоякость: через «а» в первом слоге (Панфилочкин) и через «о» (Помфилочкин), но закрепился более привычный для русского уха вариант с «а».

Женская форма Панфилочкина — не отдельная фамилия, а грамматическое изменение мужской Панфилочкин, которое закрепилось за женщинами в документах и быту.