Фамилия Панишенко — яркий пример восточноукраинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс распространён в основном в Левобережной Украине, Слобожанщине и южных регионах России, куда уходили переселенцы. В переводе с украинского -енко означает «маленький», «сын» или «потомок», то есть Панишенко — это буквально «сын Паниша».

Корень фамилии — «Паниш». Это уменьшительная форма от крестильного имени Пантелеймон или Панфил, либо от редкого имени Пан (сокращение от Панкратий). Но есть и бытовая версия: в украинском языке «пан» — господин, помещик. Прозвище Паниш могли дать человеку, который работал на пана, служил у него, или, наоборот, держался важно, по-барски. Однако более вероятно, что основа — разговорная форма церковного имени: в народе Пантелеймона нередко звали Паней, Панечкой, а оттуда уже Паниш.

Сравните с однокоренными фамилиями: Панишев, Панишин, Панишко. Все они образованы от одного прозвища, но разными суффиксами. Панишенко — самый типичный для украинского ареала. Если предки носили эту фамилию, они могли быть крестьянами или казаками из Полтавской, Черниговской или Харьковской губерний — именно там фамилии на -енко встречаются особенно часто.

В написании фамилии встречается вариант «Панищенко» — с буквой «щ» вместо «ш». Это не ошибка, а результат ассимиляции в разговорной речи: сочетание «ш+е» в некоторых диалектах звучало мягче, и на письме это отражали через «щ». Оба варианта считаются исторически допустимыми, хотя основная форма — через «ш».