Фамилия Панишев в своей основе имеет имя Паня — так в старину в домашнем, неофициальном кругу называли носителей сразу нескольких крестильных имён. Под эту короткую форму попадали Павел (от латинского «маленький»), Панфил (по-гречески «общий друг»), Панкратий (греч. «вседержавный»), а также Пантелеймон. То есть точного «родоначальника» у фамилии нет: разные люди с разными полными именами могли получить одинаковое уменьшительное Паня, и уже от него пошли отчества, закрепившиеся затем в фамилиях.

Словообразовательная модель здесь не самая частая. Стандартный путь — присоединить к основе суффикс -ов или -ин, как в фамилиях Панин или Панов. У Панишева же суффикс -ишев указывает на промежуточную форму: сначала от имени Паня образовали отчество Паниш (или Паниша), а уже от него — фамилию. Такая цепочка «имя → отчество → новое отчество» встречается реже, и именно она отличает Панишевых от более многочисленных Паниных и Пановых.

Есть и вторая версия, уводящая в другую сторону. На Украине и в Польше словом «пан» называли господина, знатного человека. Если принять эту версию, то Пан — прозвище, данное либо за важный вид, либо с иронией, либо человеку, который служил у пана. От прозвища Пан точно так же могли образовать отчество Паниш, а затем и фамилию. Однако эта гипотеза слабее: прозвищная основа дала бы скорее фамилию Панов, а форма с суффиксом -иш- типична именно для уменьшительных имён, а не для нарицательных слов.

Наиболее правдоподобно выглядит связь с фамилией Паничев. Панишев — это, скорее всего, её фонетический вариант: в разговорной речи и при записи отчества на слух «ч» и «ш» нередко путали, особенно в южнорусских говорах, где эти звуки звучат близко. Сама же фамилия Паничев — отчество второго порядка: Паничев — сын Панича, внук Пани. То есть родоначальник династии Панишевых носил имя Паня, его сына в документах записали как Панича, а внук уже стал Панишевым.

В написании фамилии закрепилась именно форма с «ш», хотя исходная, книжная, была бы с «ч». Это типичный случай, когда живое произношение победило строгую орфографию: писарь записывал фамилию так, как слышал от самого человека. Поэтому Панишевы и Паничевы — родственные фамилии, разошедшиеся по разным ветвям одного рода или просто по разным записям одной семьи.

Сословной принадлежности у фамилии не прослеживается: её могли носить и крестьяне, и мещане, и служилые люди. В архивных документах XVII–XIX веков Панишевы встречаются в разных губерниях, но без устойчивой географической привязки к одному региону. В целом фамилия редкая, и большинство её носителей сегодня — потомки тех самых Панишей, чьи имена записывали на слух, что и подарило нам эту необычную форму.