Фамилия Панишина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Панишин, которая встречается редко и имеет неочевидную этимологию. В отличие от распространённых фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ на -а/-я (Иван → Иванов, но Иваша → Ивашин), здесь мы видим суффикс -ишин, что сразу указывает на исходную форму с окончанием -иша. Иными словами, Панишин — это «чей?» — сын или потомок Паниши.

Корень «Пан-» многозначен. Самая вероятная версия — от прозвища Паниша, которое могло быть образовано от глагола «панить» (в некоторых говорах — «гнать, понукать, торопить»). В этом случае Паниша — человек, который торопит других, или, наоборот, тот, кого постоянно подгоняют. Вторая версия связывает основу с именем Паня — уменьшительной формой от Пантелеймон или Панкрат (через Паня → Паниша). Такая модель типична для русских фамилий: Гриша → Гришин, Саша → Сашин, Паниша → Панишин. Третья, менее вероятная, но возможная версия — от слова «пан» (господин) с пренебрежительным суффиксальным оформлением: «паниша» — мелкий пан или человек, который корчит из себя пана.

Географически фамилия Панишин (и Панишина) тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где слово «пан» было в обиходе, а также к Поволжью, где фиксируются единичные случаи. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается спорадически, что говорит о её происхождении не из дворянской или купеческой среды, а из крестьянской или мещанской — такие фамилии часто образовывались от уличных прозвищ и не получали широкого распространения.

С точки зрения словообразования, фамилия Панишина — яркий пример «домашней» модели, где прозвище отца или деда переходило на детей без изменений. Носительницы этой фамилии могут с высокой долей вероятности считать, что их предок по мужской линии носил прозвище Паниша, которое закрепилось как фамильное имя.