Фамилия Панишко звучит по-южнорусски и по-украински, и это не случайно: её корни уходят в земли, где веками переплетались польские, литовские и малороссийские влияния. В основе фамилии лежит прозвище Панишко, которое в старину означало «маленький пан». В Польше, Литве, на Украине и в Белоруссии паном называли помещика, дворянина, хозяина или господина по отношению к прислуге. Уменьшительный суффикс -ишко придавал слову двойной смысл: он мог указывать на сына пана, то есть на принадлежность к дворянскому или шляхетскому роду, а мог иронично характеризовать человека, который «строит из себя пана», но таковым не является. В этом случае фамилия отражала не столько высокое происхождение, сколько насмешливое отношение окружающих к претензиям носителя прозвища.

Существует и другая, не менее правдоподобная версия, которая связывает фамилию не с социальным статусом, а с личным именем. Панишко могло быть украинской или польской уменьшительной формой имени Павел, которое в переводе с латыни означает «маленький». Такое имя-оберег часто давали детям, желая им вырасти большими и сильными, — называя младенца «малышом», родители как бы обманывали злых духов. Также не исключено, что имя Панишко служило производной формой от крестильных имён Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»), Панкрат («всемогущий») или Панфил («всеми любимый»). В народной традиции длинные и труднопроизносимые церковные имена часто сокращали до коротких домашних форм, которые затем закреплялись в качестве фамилий.

Выбрать между версиями сложно, но словообразовательная модель склоняет чашу весов в пользу прозвища от «пана». Суффикс -ишко в украинской и белорусской традиции активно использовался именно для образования уменьшительных форм нарицательных существительных, тогда как от имён чаще образовывали формы с суффиксами -ко, -енко, -ук. Впрочем, обе гипотезы не противоречат друг другу: в реальной жизни граница между прозвищем и домашним именем была зыбкой, и одно легко перетекало в другое.

Фамилия бытовала в основном на территории современной Украины и в южных губерниях Российской империи, куда украинцы переселялись в поисках свободных земель. Так, в Книге памяти Омской области записан украинец Панишко Иван Максимович, родившийся в 1882 году в Херсонской губернии, в местечке Федорок. Эта запись — живое свидетельство того, как фамилия вместе со своим носителем прошла путь от украинского хутора до сибирской ссылки или переселенческого посёлка, сохранив память о южных корнях рода.