Фамилия Панукова — женская форма фамилии Пануков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, поскольку именно он хранит ключ к происхождению. Основа фамилии — Панук, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Главный вопрос — что скрывается за словом «Панук».

Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «панук». В ряде южнорусских и украинских говоров так называли молодого пана, барчука или, с ироничным оттенком, человека, который старается выглядеть важным и богатым, но на деле не имеет ни средств, ни положения. Такое прозвище могли дать крестьянину-бедняку, который любил приодеться или вёл себя с достоинством не по чину. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии с корнем «пан» (Панов, Панков, Панюков) очень часты именно в тех регионах, где было сильно польское и западнорусское влияние, — например, на Смоленщине, в Брянской области, на Украине.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает Панука с календарным именем Панкратий (в народной форме Панкрат или Панко). Уменьшительная форма Панук могла возникнуть по той же модели, что Ванюк от Иван или Санюк от Александр. Однако эта версия слабее: для имени Панкрат чаще встречаются фамилии Панкратов, Панкратьев, а суффикс -ук более характерен для западнорусских и белорусских территорий, где имя Панкрат было редким.

Суффикс -ов в фамилии Пануков говорит о том, что она оформилась в центральной или северной части России, куда прозвище или имя пришло с юго-запада. В самой Белоруссии или на Украине фамилия звучала бы как Панук (без суффикса) или Панучук, но русская адаптация добавила типичное окончание. Таким образом, предок носительницы этой фамилии — скорее всего, русский крестьянин или мещанин из пограничных с Белоруссией губерний, получивший прозвище за внешнюю «панскую» повадку при скромном достатке.