Фамилия Панюков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Панюков послужило церковное имя Павел. Фамилия Панюков образована от имени Панюк — производной формы имени Павел, которое в переводе с латинского означает «маленький». Также не исключено, что имя Панюк является просторечным вариантом имени Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»), Панкрат (от греческого «всемогущий») или Панфил (от греческого «всеми любимый»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панюк, со временем получил фамилию Панюков. О точном месте и времени возникновения фамилии Панюков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Панюков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.