Фамилия Паперина — явный случай, когда суффикс -ин указывает на происхождение от женского прозвища или имени. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я: Паперин значит «сын (или потомок) Папери». Исходное имя или прозвище Паперя — вот главный ключ.

Самая прямая версия: Паперя — это диалектная или просторечная форма имени Павел. В ряде русских говоров, особенно на севере и в Сибири, имя Павел сокращали до Папа, а уменьшительно-ласкательные варианты звучали как Папка, Папушка, Паперя. Здесь сработала типичная народная переделка: звук «в» выпал, а суффикс -ер- (как в Макарий → Макарея, Макара) придал имени фамильярный оттенок. Если так, то Паперины — потомки человека по имени Павел, которого в быту звали Паперя.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: прозвище Паперя могло быть связано с профессией или занятием. В некоторых говорах «папера» или «паперя» — искажённое «папироса» или «папиросная бумага». Так могли прозвать торговца папиросами, курильщика или даже мастера, делавшего бумажные гильзы. Однако эта гипотеза слабее: в русских говорах слово «папироса» закрепилось довольно поздно, а фамилии по такому признаку редки и обычно имеют другую словообразовательную модель.

Обратите внимание на окончание -а: фамилия Паперина стоит в женском роде, но её мужской вариант — Паперин. Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного «гнезда», что говорит о её относительно позднем оформлении и невысокой частоте. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что типично для фамилий, образованных от нецерковных форм крестильных имён в крестьянской или мещанской среде.