Фамилия Папушоя почти наверняка связана с молдавским словом «папушой», то есть «кукуруза». Так могли прозвать человека, который выращивал кукурузу, или, что не менее вероятно, любителя блюд из этого злака — мамалыги, крупяных каш и лепёшек. В молдавских сёлах прозвища по пищевым пристрастиям давали легко и метко, поэтому версия о заядлом едоке выглядит даже правдоподобнее, чем о земледельце: профессиональных занятий в прозвищах фиксировалось меньше, чем бытовых наблюдений.

Сама основа «папушой» — типичное румынское и молдавское название кукурузы, которое пришло в эти языки из турецкого. Фамилия сохранила именно народное, разговорное звучание слова, без книжной обработки, что указывает на её происхождение в крестьянской среде. Суффикс -оя в конце фамилии — это румынская патронимическая модель, указывающая на принадлежность к роду: Папушоя буквально означает «сын (или потомок) Папушоя», то есть человека с прозвищем Папушой.

Менее убедительна версия, выводящая фамилию от румынского păpuşă — «папуша», связка или пучок бумаг, табачных листьев. Сторонники этой гипотезы предполагают, что предок работал на табачном или бумажном производстве и занимался связкой сырья. Однако здесь есть смысловая натяжка: слово păpuşă в бытовой речи чаще означало просто узелок или свёрток, а не профессиональный термин. К тому же фонетически фамилия Папушоя тяготеет именно к «папушой» — так в Молдавии и на севере Румынии повсеместно называли початки кукурузы, и это название легко становилось прозвищем.

Географически фамилия встречается преимущественно в Молдавии и среди молдаван, живущих в России и на Украине. Встречаемость её невысока, что типично для фамилий, образованных от местных диалектных прозвищ, не получивших широкого распространения за пределами одного региона. Родственные фамилии — Папушой, Папуша, Папушенко — встречаются чаще, но именно форма Папушоя сохранила наиболее архаичный, «домашний» вариант прозвища.

Если принять кукурузную версию, то родоначальник фамилии жил, скорее всего, в XIX веке, когда кукуруза стала основой молдавского земледелия и кухни. Прозвище Папушой могло закрепиться за человеком, чьи поля всегда были засеяны этой культурой, либо за тем, кто предпочитал мамалыгу любому другому хлебу. В любом случае фамилия — живое напоминание о том, как тесно крестьянский быт был связан с главным кормильцем — кукурузой.