Фамилия Папырина — это женская форма, а мужская, соответственно, Папырин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Папыра. Здесь есть два основных пути происхождения, и оба ведут в крестьянскую и ремесленную среду.

Первый и самый прямой вариант: слово «папыра» в русских говорах (особенно южных и западных) означало «папоротник». Прозвище могли дать человеку, жившему в лесистой, поросшей папоротником местности, либо тому, кто занимался сбором и продажей этого растения (например, для лекарственных целей или как корм для скота). В этом случае прозвище чисто топографическое или профессиональное.

Второй вариант — диалектное «папыра» в значении «поп» или «священник», но с ироничным или уменьшительным оттенком. В некоторых говорах «папыра» — это шутливое или пренебрежительное название попа, попадьи или вообще духовного лица. Если предок был либо самим священником (но с невысоким статусом), либо, что вероятнее, служил при церкви (пономарь, дьячок), то прозвище могло закрепиться за ним или его детьми. Фамилии от «поп» и его производных — одни из самых распространённых в России, и Папырин — их редкая, но органичная часть.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Папырин — сын Папыры. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, и характерна для северных и центральных областей России. Встречается фамилия неравномерно, но заметно чаще в Вологодской, Костромской и Кировской областях, где диалект «папыра» в обоих значениях был в ходу.

Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что типично для фамилии, вышедшей из крестьянской или мещанской среды. Папырины — это, скорее всего, потомки вольных крестьян или посадских людей, чья фамилия сложилась не в боярских канцеляриях, а в живой деревенской речи.