Фамилия Парахненко звучит типично для восточной Украины, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -енко — характерный признак украинской фамильной системы, особенно распространённый в Полтавской, Черниговской, Харьковской и Сумской областях. В XVI–XVII веках такие фамилии образовывались от имён и прозвищ отца и буквально означали «сын такого-то» или «маленький, младший». Парахненко — это «сын Парахны».

Основа Парахна — разговорная, диалектная форма мужского крестильного имени Парфений. В православных святцах это имя греческого происхождения (от parthenos — «девственный», «чистый»), но в народной речи оно претерпело сильные изменения. В украинском и южнорусском говорах Парфений превращался в Пархо́ма, Парамо́на, а затем и в Парахну́. Потеря начального «ф» и замена на «п» — обычное явление для славянской фонетики, которой звук [ф] был чужд. Таким образом, Парахна — это простонародный вариант церковного имени, который закрепился за человеком в быту.

Впрочем, существует и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах слово «парахня» могло означать нечто ветхое, трухлявое или относиться к пыли (сравните с «прах»). Если прозвище Парахна возникло не от имени, а от нарицательного слова, оно могло указывать на характер человека — возможно, суетливого или неопрятного. Однако ономастический словарь Б. О. Унбегауна и работы В. А. Никонова подтверждают, что подавляющее большинство фамилий с основой «Парах-» восходят именно к каноническому имени Парфений, а не к бытовой лексике.

Географически фамилия Парахненко — редкая и локальная. Её ядро находится в центральных и восточных областях Украины, с отдельными ответвлениями в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Носители фамилии, скорее всего, происходили из казацкой или крестьянской среды, где отчества на -енко были нормой, а полное церковное имя Парфений в быту заменяли простым Парахна.

Интересная деталь: фамилия могла писаться и через «о» — Порохненко. В украинской письменности XVII–XVIII веков звук [а] в безударном положении часто передавали как «о», что отражало особенности живого произношения. Поэтому в старых ревизских сказках одну и ту же семью могли записать по-разному, и оба варианта будут исторически верны.