Фамилия Пархотин образована от прозвища или нецерковного имени Пархота. В основе слова лежит диалектный глагол «пархать» — в южнорусских и украинских говорах он означает «пахать», «взрыхлять землю», а также «махать крыльями», «порхать». Соответственно, Пархотой могли прозвать либо пахаря, земледельца, либо человека суетливого, быстрого, непоседливого — «порхающего» с места на место.

Суффикс -ин в фамилии Пархотин указывает на принадлежность: «сын Пархоты». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я (сравните: Фомин, Ильин, Пахомин). Именно суффикс -ин, а не -ов, даёт ключ к происхождению: основа прозвища звучала как Пархота, а не Пархот.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с крестильным именем Парфён (от греч. «парфенос» — девственник). В просторечии это имя часто звучало как Пархон, Пархоша, а уменьшительная форма Пархота могла дать начало фамилии. Однако в этом случае логичнее было бы ожидать форму Пархонов или Парфёнов. Прямая связь с земледельческим «пархать» выглядит убедительнее.

Фамилия редкая и имеет чёткую региональную привязку. Подавляющее большинство носителей Пархотиных — выходцы из южных областей России (Курская, Белгородская, Воронежская) и сопредельных территорий Украины. Именно там бытовал глагол «пархать» в значении «пахать», что делает версию о происхождении от пахаря наиболее правдоподобной. В центральных и северных губерниях фамилия почти не встречается.

Таким образом, предок Пархотиных, скорее всего, был крестьянином-землепашцем из чернозёмной полосы, чьё прозвище закрепилось за его потомками в виде фамилии.