Фамилия Пацюкова образована от мирского имени или прозвища Пацюк, которое на Украине и в Белоруссии означало «крыса». Такое имя-оберег давали ребёнку, чтобы уберечь его от злых сил: считалось, что «нехорошее» имя отведёт беду и завистников. В переносном смысле пацюком называли человека плотного, коренастого телосложения, поэтому прозвище могло указывать и на внешность предка.

Слово «пацюк» — восточнославянское, с выраженным уменьшительно-уничижительным суффиксом -юк, который в украинской и белорусской традиции часто участвовал в образовании прозвищ. Позже к основе добавился русский патронимический суффикс -ов, что дало форму Пацюков, а женский вариант Пацюкова закрепился в документах как производный от мужской фамилии.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к имени Павел или Пацюк как форме «Павел» — это распространённое заблуждение. Корень здесь — именно «пац-», связанный с грызуном, а не с крестильным именем. В украинских говорах слово «пацюк» также могло означать «поросёнок», что добавляет ещё одну смысловую ветвь: прозвище могло относиться к человеку с хорошим аппетитом или дородному, упитанному.

По модели образования фамилия Пацюкова стоит в одном ряду с такими, как Борсуков, Хомяков, Бобров — все они происходят от названий животных и первоначально носили характер мирских имён или прозвищ. Такие имена не были редкостью в крестьянской среде до XVIII века, когда церковь и государство начали жёстко требовать использования канонических имён при крещении.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным русским землям, а также к Украине и Белоруссии, где слово «пацюк» употреблялось в бытовой речи. В русских переписных книгах XVII века подобные прозвища встречались у служилых людей и крестьян, но привязку к конкретному региону для Пацюковых установить сложно из-за отсутствия ранних письменных источников.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, что типично для фамилий, возникших из прозвищ в простонародной среде. Сама фамилия сохраняет живую связь с диалектной лексикой, которая сегодня почти ушла из активного употребления, и это делает её ценным свидетельством народной культуры.