Фамилия Пазыненко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, самой распространённой на Левобережной Украине. Суффикс -енко в XVI–XVIII веках означал «маленький», «сын» или «ученик», то есть Пазыненко — буквально «сын Пазына» или «маленький Пазына». Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Пазын, которое и нужно расшифровать.

Слово «пазын» в украинских и южнорусских говорах имеет несколько значений, и тут возможны две основные версии происхождения. Первая, наиболее вероятная, от слова «паз» — щель, выемка, паз в бревне для плотной стыковки. Пазыном могли называть плотника, столяра или мастера по дереву, который хорошо владел топором и долотом. Вторая версия — от «пасынок» (неродной сын), где в диалектах «пазын» — это искажённая или сокращённая форма. В этом случае прозвище мог получить приёмный ребёнок или человек, воспитанный не родным отцом. Версия с «пазом» выглядит правдоподобнее, поскольку фамилии от названий ремёсел — массовое явление, а «пасынок» редко становилось основой для устойчивого прозвища.

Географически фамилия Пазыненко тяготеет к Полтавщине и Черниговщине — регионам, где суффикс -енко доминирует, а плотницкое ремесло было распространено повсеместно. В списках реестрового казачества XVII века встречаются прозвища с корнем «паз-», что подтверждает бытование этой основы в среде ремесленников и казаков. В России фамилия редкая, чаще встречается в областях, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке (Кубань, Слобожанщина).

Словообразовательно фамилия проста: корень «пазын-» + суффикс -енко. Ударение обычно на «е» — Пазыне́нко, хотя в некоторых говорах могут смещать на первый слог. Сравните с однокоренными фамилиями: Пазынко, Пазынич, Пазынский — все они указывают на одно и то же прозвище, но разными суффиксами. Пазыненко — самая типичная украинская форма, которая прямо говорит о происхождении носителя из семьи человека по прозвищу Пазын.