Фамилия Печенька — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение не стоит искать на кухне. Вопреки первому впечатлению, связь с кондитерским изделием маловероятна: слово «печенье» в значении «сладкое мучное блюдо» закрепилось в русском языке только в XVIII–XIX веках, а фамилии массово формировались раньше. Основа здесь другая.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Печенька, которое могло относиться к человеку с болезненным видом или слабым здоровьем. В диалектах «печень» нередко связывали с внутренними органами, и прозвище могло указывать на человека, страдающего печёночными недугами, или на того, кто торговал печенью (субпродуктами). В русских говорах слово «печенька» иногда использовалось как ласкательное обозначение печени, но без сладкого подтекста.

Суффикс -к- в данном случае — уменьшительно-ласкательный, что характерно для прозвищ, которые давали в быту. Такая модель образования не типична для русских фамилий: обычно они оканчиваются на -ов, -ин или -ский. Печенька стоит особняком — это фамилия, застывшая в форме прозвища, без дополнительного суффикса принадлежности. Встречается она крайне редко, преимущественно в центральных и южных регионах России, где сохранились архаичные прозвищные фамилии.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от церковного имени Петр через диалектное искажение. В некоторых говорах «Петенька» (уменьшительное от Пётр) могло перейти в «Печенька» из-за аканья или шутливого переосмысления. Но такая гипотеза слабая, так как для неё нет надёжных документальных подтверждений, а фамилии от Петра обычно дают формы Петров, Петренко или Петрухин.

Таким образом, фамилия Печенька — редкий пример прозвища, которое не приросло к стандартным суффиксам и сохранило исходную звуковую форму. Носители этой фамилии могут с большой вероятностью считать, что их предок получил своё прозвище за особенности здоровья или профессию, связанную с мясной торговлей, а не за любовь к выпечке.